MDSexe20100328.Rのマニュアル
2010年3月28日
横山暁

MDSexe20100328.RはRでMDSを実行する際に必要となるスクリプト集です．
normx, mdsplot, MDSexe, MDSexeplotから成り立ちます．

○normx(x)
布置の基準化を行うスクリプト
（布置の重心を原点に，座標の2乗和を対象数nに等しくなるように変換する）

x:布置


○mdsplot(d, x=1, y=2, label=T, norm=T)
2次元布置を出力するスクリプト．
軸のラベルを「Dimension 1」等に出来る．
label=Tによって座標を表す点をラベルに変更できる．
結果が1次元の場合には，縦軸に出力する．
norm=Tの場合，軸の最大値，最小値，間隔の制御を行う．label=T/Fによっても変化する．

d:布置
x:布置に対する横軸の次元(default=1)
y:布置に対する縦軸の次元(default=2)
label:座標をラベルにするかどうか(default=T)
norm:布置の基準化を行うかどうか(default=T)


○MDSexe(data, maxdim, mindim=1, model=1, norm=T)
最大次元数から最小次元数まで次元を減らしながら分析するスクリプト．
cmdscale, isoMDS, sammonが利用できる．

data:距離行列，非類似度対象行列（cmdscale, isoMDS, sammonで分析できるデータ形式）
maxdim:分析の最大次元数
mindim:分析の最小次元数(defalut=1)
model:cmdscaleは1，isoMDSは2，sammonは3を指定(default=1)
norm:isoMDS, sammonの時に布置の基準化を行うかどうか(default=T)

なお，isoMDSやsammonの分析における初期布置は，
最大次元数の時は合理的初期布置（cmdscaleを利用），
最大次元数−1〜最小次元数の時は，1つ上の次元での布置(*)において，次元毎の2乗和の最も小さい次元を省いた布置を初期布置とする．
(*)ただし，isoMDSにおいてnorm=Tを指定した場合には，基準化された布置，sammonにおいてnorm=Tを指定した場合には，最終布置のみ基準化．


○MDSexeplot(result, dim=2, x=1, y=2, label=T, norm=T)
MDSexeで実行した結果の布置を出力するスクリプト．
cmdscaleの場合（$stressが無い場合）は強制的にnorm=Fとなる．

result:MDSexeで実行した結果
dim:出力したい次元
x:出力したい次元の布置に対する横軸の次元(default=1)
y:出力したい次元の布置に対する縦軸の次元(default=2)
label:座標をラベルにするかどうか(default=T)
norm:布置の重心を原点に，座標の2乗和を対象数nにするかどうか(default=T)